Tak hanya soal tata kelola, TPU ini juga menjadi objek penelitian akademis. Para peneliti dari Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS) diketahui pernah mengkaji mikrobiologi tanah di area pemakaman tersebut untuk mengetahui lebih jauh mengenai komunitas bakteri dan proses biologis yang terjadi dalam lingkungan pemakaman.
Hal tersebut menunjukkan bahwa TPU Bonoloyo bukan sekadar tempat pemakaman, tetapi juga memiliki peran dalam aspek budaya, sosial, hingga kajian ilmiah.
