Latar belakang berdirinya PMII adalah untuk menjawab tantangan zaman, beserta beberapa alasan yang mendasar lainya, yaitu: (1) Dalam kurun waktu tahun 1950-1959, situasi politik Indonesia sangat carut marut. (2) Sistem pemerintahan dan perundang-undangan di Indonesia tidak pernah menentu atau selalu berubah ubah.
(3) Berpisahnya partai NU dari Masyumi. (4) Mahasiswa NU yang bergabung dengan Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) merasa tidak puas karena mahasiswa NU tidak terakomodasi dan terpinggirkan. (5). Organisasi HMI memiliki kedekatan dengan salah satu partai politik (Masyumi) hingga HMI menjadi underbow-nya.
Ke-lima poin diatas yang menimbulkan para intelektual muda NU menggebu gebu agar didirikan PMII sebuah organisasi kemahasiswaan NU dengan ideologi Ahlussunnah Waljamaah, sebagai wahana untuk menyalurkan aspirasi dan pengembangan potensi agar NU dan PMII tetap senantiasa sejalan dengan tuntutan perubahan dan tantangan zaman (taghayyurul ahkam bitagayyuril amkinah wal azminah).
Keberadaan PMII dan IKAPMII di Bogor : Sebagai Pusat Kerajaan Pajajaran dan Pusat Pemerintahan Untuk Bidang Pertanian
Sementara di wilayah Kabupaten Bogor dan Kota Bogor PMII sudah tampil para tokoh di masa Pemerintahan Orde Lama dimana PMII tampil dalam Gerakan Aksi Mahasiswa tahun 1966 seangkatan dengan Zamroni, Chalid Mawardi dan Mahbub Junaedi.
Diantaranya yang terkenal di Bogor Generasi Angkatan 1966 adalah Hidayat Tajuddin, Harun Al Rasyid (Fahutan Institut Pertanian(IPB), Kementerian Kehutanan), Gasik Dharma (Akademi Kimia Analis/Kementerian Perindustrian), Yusuf Hanafiah (Akademi Pertanian/Kementerian Pertanian), Amin Said (Fahutan IPB, Kementerian Kehutanan), dan lain-lain. Setelah itu dilanjutkan tokoh Pasca 1966 atau tahun 1970-an diantaranya : Upaya Satari (Unibersitas Bogor/UNBO, sekarang UNPAK, Rahmat Sulaeman (IAIN), Cucu Suryaman (UNPAK), Ujang Suparman (IPB), Ahmad Fuad Mawahib (IPB), Koswara (Akademi Peternakan Bogor).
Sementara kader tahun 1980-an diantaranya Aan Surya Priyana (Fatemeta IPB, Dinas Pertanian/Perindustrian Kab Bogor), Iqbal Assegaf (FKH IPB, kader dan Ketua Umum PMII Cabang Bogor yang melejit menjadi Ketua Umum PB PMII dan Ketua PP GP ANSOR), Edi Junaedi (Faperta IPB), Suharno (Mayor Jenderal Angkatan Darat), Ismatul Hakim (Fak Kehutanan IPB, pernah menjabat Ketua PCNU Kota Bogor termuda/28 tahun tahun 1986 - 1990, Wk Ketua PW GP Ansor Jawa Barat tahun 1986 – 1990 dan Ketua PP LP2NU PBNU 1990 - 1999), Muhammad Muchlis, Hurmah, Mulia (Universitas Ibnu Khaldun) dll.
PMII dan IKAPMII saat ini sudah membersamai kepemimpinan nasional dari pusat, wilayah dan daerah sesuai dengan zamannya. Memasuki era Kabinet Presiden Prabowo juga, IKAPMII berkontribusi besar dalam perjalanan bangsa dengan keikutsertaan kader PMII di pemerintahan, parlemen, di berbagai profesi dan lembaga masyarakat lainnya.
Bahkan ke depannya IKAPMII dituntut lebih lagi untuk memberikan kontribusi positif dalam penyelenggaraan negara (state governance) dalam penguatan kelembagaan negara baik di legislatif, eksekutif dan yudikatif yang efisien, efektif dan inovatif.
Untuk itulah maka IKAPMII Kota Bogor harus membenahi diri dengan melibatkan seluruh kader PMII di semua lapisan masyarakat. Dengan prinsip dasar ajaran Islam Ahlussunnnah Wal Jama’ah, IKAPMII siap menyukseskan pencapaian cita-cita Indonesia Emas 2045.
Proyeksi Perjuangan PMII dan IKAPMII Kota Bogor Ke Depan : Mencerahkan ?
Saat ini kader PMII di Kota dan Kabupaten Bogor sudah semakin besarcdan mengakar, berkembang dan menyebar di berbagai Perguruan Tinggi. Dan keadaan sudah berubah mulai dari yang terbesar adalah Universitas Ibnu Khaldun (UIKA), Universitas Pakuan (UNPAK), Institut Pertanian Bogor (IPB), Akademi/Sekolah Tinggi Manajemen Kesatuan, Universitas Nusa Bangsa (UNB) dll.
Dan aktivitasnya luar biasa, selalu kritis dan respon terhadap perkembangan politik dan sosial kemasyarakatan dan akan terus berubah dan maju searah dengan dinamika kehidupan masyarakat dan bangsa.
Bahkan almuni PMII saat ini sudah banyak memenempati posisi penting di lembaga Pemerintahan, Legislatif, pejabat di beberapa Kementerian (Perindustrian, Kehutanan dan Pertanian) baik di eksekutif maupun di legislatif.
Perkembangan PMII dalam era Pasca Reformasi ini terjadi sejak PMII Cabang Kota Bogor dipimpin oleh sahabat Ahmad Aswandi (ketua Umum Pertama PC PMII setelah Bogor dipisah menjadi Kota Bogor dan Kabupaten Bogor – saat itu mahasiwa UIKA (yang dikenal oleh warga PMII dg sebutan Bang Qiwong) dan penggerak PMII di UIKA.